Авторы: Кипень В. Н., Институт генетики и цитологии НАН Беларуси, Минск, Республика Беларусь; v.kipen@igc.by; Исакова Ж. Т., Научно-исследовательский институт молекулярной биологии и медицины, Бишкек, Кыргызская Республика; jainagul@mail.ru.

Представители домашнего крупного рогатого скота (Bos taurus) и одомашненного яка (Bos grunniens) способны свободно скрещиваться, что используют селекционеры и заводчики в своей практике. Однако перед скрещиванием особей данных видов иногда возникает необходимость в проверке их генетической чистоты и отсутствии неспецифических аллелей. Таким образом, цель данного исследования – с использованием методов биоинформатики определить SNP c высоким дифференцирующим потенциалом для различения особей Bos taurus и Bos grunniens. Целесообразность аналогичных исследований дискутировалась в работе [1].
Генотипы in silico определены по 1532 SNP для животных, геномы которых были секвенированы в рамках проектов PRJNA217895, PRJNA285834, PRJNA74739, PRJNA508864, PRJNA531398, PRJNA431934, PRJNA762180 (Bos grunniens – 90, Bos mutus – 3, Bos taurus – 100). Файлы SRA дополнительно конвертировали в формат *.fasta c использованием пакета SRA-Toolkit v.2.11. Для автоматизации процесса поиска нуклеотидных последовательностей in silico, фланкирующих искомый аллель, использовали скрипт на языке программирования Python v.3.10 с использованием среды разработки программного обеспечения Jupyter Notebook. Дифференцирующий потенциал для SNP проводили с использованием ROC-анализа в SPSS v.20.0. Хромосомные позиции указаны по отношению к сборке генома Bos taurus ARS-UCD 1.3 (GCF_002263795.2). На основании полученных результатов выделены несколько значимых SNP c высоким дифференцирующим потенциалом, например: Chr.4:g.68157406G>T (JAZF1) – AUC = 0,991, 95% ДИ [0,957-1,0], p=8,13Е-14; Chr.14:g.33601230T>G (SLCO5A1) – AUC = 0,961, 95% ДИ [0,936-1,0], p=1,25Е-13 Chr.20:g.7061942T>A – AUC = 0,988, 95% ДИ [0,967-1,0], p=2,37Е-14 и др. В дальнейшем планируется провести молекулярно-генетический анализ на образцах особей Bos taurus и Bos grunniens, разводимых в Кыргызстане.

Литература:
[1] Анализ полиморфизма гена гефестина (HEPH) на X-хромосоме для установления принадлежности биологических образцов к диким или домашним представителям вида Sus scrofa / Кипень В. Н., Иванова Е. В., Снытков Е. В., Верчук А. Н. // Генетика. 2020. Т. 56. № 9. С. 1054-1064.